Հոմոլոգիայի մոդելները կարող են օգտագործվել նաև ՝ բացահայտելու համար հարակից սպիտակուցների միջև նուրբ տարբերությունները, որոնք ոչ բոլորն են կառուցվածքայինորեն լուծված : Օրինակ, մեթոդը օգտագործվել է Na+/K+ ATPազայի վրա կատիոնների կապակցման վայրերը հայտնաբերելու և տարբեր ATPազերի կապակցման մերձեցման վերաբերյալ վարկածներ առաջարկելու համար:.
Ինչի՞ համար են օգտագործվում հոմոլոգիայի մոդելները:
Հոմոլոգիայի մոդելավորումը հաշվողական կառուցվածքի կանխատեսման մեթոդներից մեկն է, որը օգտագործվում է սպիտակուցի 3D կառուցվածքը որոշելու համար իր ամինաթթուների հաջորդականությունից: Համարվում է, որ այն հաշվողական կառուցվածքի կանխատեսման մեթոդներից ամենաճշգրիտն է։ Այն բաղկացած է բազմաթիվ քայլերից, որոնք պարզ են և հեշտ կիրառելի:
Ի՞նչ է հոմոլոգիայի մոդելավորումը և ինչո՞ւ է այն անհրաժեշտ:
Հոմոլոգիայի մոդելավորումը ստանում է թիրախային սպիտակուցի եռաչափ կառուցվածքը՝ հիմնված կաղապարի և թիրախային հաջորդականությունների նմանության վրա, և այս տեխնիկան ապացուցում է, որ արդյունավետ է, երբ խոսքը վերաբերում է թաղանթային սպիտակուցների ուսումնասիրությանը, դժվար է բյուրեղացնել, ինչպես GPCR, քանի որ այն ապահովում է …-ի ըմբռնման ավելի բարձր աստիճան
Ինչպե՞ս եք անում հոմոոլոգիայի մոդելը:
հոմոլոգիայի մոդելավորման մեջ մի քանի քայլեր կան:
- կաղապարի ընտրություն՝ օգտագործելով ձեր թիրախային հաջորդականությունը: Այս նպատակով դուք կարող եք կատարել BLASTp որոնում բոլոր հասանելի սպիտակուցային կառուցվածքների (PDBs) նկատմամբ: …
- Կաղապարի և թիրախային հաջորդականության հավասարեցում: …
- Ձեր մոդելի որակը։ …
- Զարգացումհամապատասխանաբար ձեր մոդելը։
Ի՞նչն է լավ հոմոոլոգիայի մոդելավորումը:
Եթե մենք սահմանում ենք «բարձր հաջողված հոմոոլոգիայի մոդել» որպես էմպիրիկ կառուցվածքից <=2 Å rmsd, ապա կաղապարը պետք է ունենա >=60% հաջորդականության նույնականացում թիրախի հետ հաջողության համար: տոկոսադրույքը >70%: Նույնիսկ բարձր հաջորդականության նույնականացման դեպքում (60%-95%), տասը հոմոոլոգիայի մոդելներից մեկն ունի rmsd >5 Å ընդդեմ
