Քրոմոսոմների կոնֆորմացիայի գրավման (3C) վրա հիմնված մեթոդները բացահայտում են քրոմոսոմների կազմակերպվածությունը միջուկում՝ որոշելով զույգ կետերի ֆիզիկական մոտիկությունը քրոմատինի երկայնքով: Նրանք պահպանում են քրոմատինի փոխազդեցությունները խաչաձև կապակցման միջոցով, որին հաջորդում է մասնատումը, կապակցումը և փոխազդող շրջանների հաջորդականությունը:
Ինչպե՞ս է աշխատում քրոմոսոմի կոնֆորմացիան:
Քրոմոսոմի կոնֆորմացիայի գրավում-չիպի վրա (4C) գրանցում է փոխազդեցությունները մեկ տեղանքի և գենոմային մյուս բոլոր տեղանքների միջև: Այն ենթադրում է կապակցման երկրորդ քայլ՝ ստեղծելով ինքնաշրջապտույտ ԴՆԹ-ի բեկորներ, որոնք օգտագործվում են հակադարձ ՊՇՌ-ն իրականացնելու համար: … Մեկ միկրոզանգվածի վրա կարելի է վերլուծել մոտավորապես մեկ միլիոն փոխազդեցություն:
Ի՞նչ է քրոմատինի կոնֆորմացիայի հավաքումը:
Քրոմատինի կոնֆորմացիայի հավաքումը (3C) կարևոր տեխնիկա է, որն օգտագործվում է քրոմատինի կառուցվածքը ուսումնասիրելու համար, ինչպես նաև հիմք է հանդիսանում մի քանի այլ ածանցյալ տեխնիկայի համար: … Արձանագրությունը ներառում է բջիջների ֆորմալդեհիդի խաչաձև կապը, որին հաջորդում է քրոմատինի մեկուսացումը և մարսումը սահմանափակող ֆերմենտի միջոցով:
Ինչպե՞ս է աշխատում Hi-C հաջորդականությունը:
Hi-C մոտեցումը ընդլայնում է 3C-Seq-ը՝ քրոմատինի կոնտակտները գենոմով քարտեզագրելու համար, և այն նաև կիրառվել է տեղում քրոմատինի փոխազդեցությունների ուսումնասիրության համար: Այս մեթոդով ԴՆԹ-սպիտակուցային համալիրները խաչաձեւ կապակցված են ֆորմալդեհիդի հետ: Նմուշը մասնատվում է, իսկ ԴՆԹ-ն արդյունահանվում, կապվում և մարսվում է սահմանափակող ֆերմենտներով:
Ի՞նչ է Hi-C տեխնիկան:
Դասական Hi-C տեխնիկան ներառում է ֆորմալդեհիդային խաչաձեւ կապակցված գենոմի սահմանափակող մարսողություն՝ հաջորդականության հատուկ սահմանափակող ֆերմենտներով, որին հաջորդում է մարսված ծայրերի լրացում և վերականգնում՝ ներառելով բիոտինի հետ կապված նուկլեոտիդներ. Այնուհետև վերանորոգված ծայրերը նորից միացվում են:
